他の Windows が起動している状態からセットアップを開始したり、無人セットアップを実行した場合など、Windows 2000/XP のセットアップ方法によっては、%Systemroot%\System32 フォルダにある $winnt$.inf ファイルにプロダクトキーが格納されます。
この場合、プロダクトキーは、以下の手順で確認することができます。

$winnt$.inf ファイルの存在がセキュリティ上問題とされる場合、このファイルの削除を検討してください。